После выполнения очередного задания глава одной из групп сверхсекретного ОМН, отряда "Миссия невыполнима", Джим Фелпс вместе со своими подчинёнными отправляется в Прагу. Там ему предстоит поймать Александра Голицына, который согласился продать список всех агентов, находящихся на нелегальном положении. У предателя уже есть одна часть списка, однако без второй информация не представляет никакой ценности. Операция проходит в американском посольстве в Праге. Поначалу всё идёт по плану. Но затем Джим и его подопечные терпят неудачу. Голицына устраняют неизвестные. Также жертвами становятся и Джим вместе со своими подопечными. Выжить удаётся только Итану Ханту. Он связывается с коллегами, но вместо помощи его обвиняют в измене. Миссия по поимке Голицына была лишь прикрытием: истинная цель - найти предателя в рядах ОМН. Так как Итан оказался единственным выжившим, его и обвиняют. Однако Ханту удаётся сбежать, и теперь он в одиночку должен найти настоящего отступника и отомстить за смерть Джима и напарников...