Десять лет прошло с тех пор, как бывший агент Джейсон Борн разоблачил незаконную деятельность американских спецслужб. Объявленный в международный розыск, он скрывается в лагере беженцев у греко-албанской границы, зарабатывая на жизнь участием в подпольных боях без правил. Тем временем в Исландии помогавшая ему служащая ЦРУ Никки Парсонс с группой хакеров взламывает сервер разведывательного управления, чтобы обнародовать остальные незаконные проекты. В одном из документов она находит секретную информацию, касающуюся Джейсона и его отца. Хэзер Ли, глава отдела кибер-защиты ЦРУ, внедряет в один из скачивающихся файлов вирус-шпион, чтобы отследить взломщика. Ничего не подозревающая Никки связывается с Борном и убеждает его встретиться в Афинах, чтобы передать данные. Для их устранения директор ЦРУ Роберт Дьюи посылает команду оперативников во главе с киллером Эссетом. Парсонс убивают, но перед смертью она передает Джейсону ключ от ячейки, в которой спрятана флешка. Скрывшись от преследования, он находит накопитель, но вся информация на нем зашифрована. Борн отправляется за помощью в Берлин к хакеру, который помог Никки взломать сервер ЦРУ...